Certificatie en interoperabiliteit zijn voor de EPC technologie essentieel voor een succesvolle implementatie ervan. Bedrijven die EPC in hun toeleveringsketen integreren, moeten over tags en readers beschikken die op dezelfde manier werken als deze van hun handelspartners en de verschillende elementen van het EPC Netwerk moeten interopereren met de bestaande businesspraktijken en toepassingen. Vandaar dat EPCglobal veel belang hecht aan de uitwerking van technische specificaties voor elk element van het EPC systeem afzonderlijk, en dat hierbij speciale aandacht uitgaat naar de interfaces tussen de verschillende systeemcomponenten. GS1 werkt hiervoor nauw samen met Auto-ID Labs en met Solution Providers, die in de Hardware en Software Action Groups van EPCglobal zetelen. Op die manier trachten zij de beschikbaarheid van 'EPC-compliant' producten en de interoperabiliteit met bestaande systemen te verzekeren.
Bovendien biedt EPCglobal de mogelijkheid voor Solution Providers om hun producten te certificeren (zie EPCglobal certificatie programma). De website van EPCglobal vermeldt een lijst van alle gecertificeerde EPC/RFID producten.